Hay que señalar que a partir de los visigodos las sucesivas culturas que se han ido asentando en la ciudad no han dudado en reutilizar las columnas y otros elementos arquitectónicos del pasado en sus nuevas construcciones. De esta forma, es posible que los capiteles provinieran originalmente de un edificio de la última época del imperio romano y que luego fueran reutilizados por los visigodos en su pequeña iglesia. Sin embargo, las similitudes estilísticas entre el arte tardorromano y el visigodo, no nos permiten saber a ciencia cierta si se trataría de una reutilización o de una elaboración ex novo para este posible templo cristiano allí ubicado.

Lo que sí que se ha podido constatar arqueológicamente es la existencia en el mismo lugar de una posterior mezquita musulmana. Al parecer, constaría de un espacio hipóstilo de dimensiones más reducidas que la iglesia actual y con una orientación diferente, ya que el mihrab estaría ubicado en el lado sureste, hacia la actual calle Archeros, mientras que el patio de abluciones y entrada a la mezquita estarían en su lado noroeste, aproximadamente donde hoy se encuentra la vivienda del párroco.

Con la llegada de los cristianos en 1248, el espacio cambiaría de uso, pero no para convertirse en una iglesia, sino para albergar una sinagoga. Sabemos que existió una importante comunidad judía en la Sevilla de los siglos XIII y XIV, que al parecer había llegado a la ciudad con los conquistadores cristianos. Es posible que también hubiera un cierto número de judíos que ya se encontraban en la ciudad antes de 1248, pero el carácter cada vez más intolerante de los almohades con las otras religiones hizo que tanto cristianos como judíos se vieran obligados a huir hacia el norte, por lo que su presencia en los últimos años de la Sevilla islámica sería muy escasa.

En cualquier caso, sabemos que en los primeros tiempos de la dominación cristiana la presencia de judíos fue cada vez mayor en la ciudad y que a partir del reinado de Alfonso X se destina para ellos un amplio sector de la ciudad, la judería, que comprendía buena parte de los actuales barrios de Santa Cruz y San Bartolomé. Este espacio quedaba delimitado por su propia muralla, que se cerraba por las noches, con lo que la Corona trataba de proteger la seguridad de la comunidad judía en la ciudad. El rey determinó también que fueran destinadas como sinagogas las tres mezquitas que se hallaban dentro del espacio delimitado Estas estarían en la actual plaza de Santa Cruz y bajo los templos de San Bartolomé y Santa María la Blanca. 

A pesar de estas medidas de protección inicial de la comunidad judía, parece que los episodios de convivencia entre las religiones se fueron intercalando de manera cada vez más frecuente con épocas de intolerancia y persecución. El peor punto de la situación se alcanzó con la revuelta antijudía de 1391, en lo que constituye uno de los pasajes más trágicos de la historia de Sevilla. Una multitud enfurecida asaltó la judería, asesinando a muchos de sus moradores y forzando la conversión de muchos otros. Hay fuentes que hablan de que mujeres y niños fueron vendidos como esclavos a los musulmanes. Además , el pogromo sevillano encendió la mecha de una serie de levantamientos antisemitas que se fueron sucediendo en ciudades como Córdoba, Toledo o Barcelona. La comunidad judía de Sevilla quedaría enormemente mermada después de este episodio y sus sinagogas serían transformadas pronto en templos cristianos.

Sobre la sinagoga que se ubicaba en la plaza de Santa Cruz se asentaría posteriormente la iglesia que lleva este nombre y que sería derruida a principios del siglo XIX, trasladándose la parroquia a su emplazamiento actual en la calle Mateos Gago. Tampoco queda nada de la segunda de ellas, en la actual parroquia de San Bartolomé, ya que la primitiva iglesia cristiana que había en el lugar, heredera de la sinagoga anterior, fue derribada por completo en el siglo XVIII para levantar el actual templo.

Algo parecido se creía que había ocurrido en el caso de Santa María la Blanca, ya que las crónicas del siglo XVII, que narran la reinauguración del templo tras la reforma impulsada por Justino de Neve, hablan de que la iglesia fue levantada de nuevo por completo, sin que se conservara nada de la fábrica anterior. Sin embargo, diversos trabajos arqueológicos y de restauración en el edificio en las últimas décadas han desmentido esta afirmación. Al parecer, aunque la reforma barroca de la que hemos hablado enmascaró por completo cualquier aspecto decorativo del primitivo templo, lo cierto es que la planta de la actual iglesia y la de la sinagoga sobre la que se asienta coinciden en lo esencial. Y al parecer también corresponden a la obra primitiva buena parte de los muros y los arcos de la actual iglesia, aunque intensamente alterados en su estética por la reforma barroca. Así lo explica el arquitecto Óscar Gil Delgado en “Una sinagoga desvelada en Sevilla: estudio arquitectónico” (2011):

Estas prescripciones implican claramente que no se demolieron los muros de las naves de la iglesia y que, por ese motivo, se encuentran hoy los arcos ciegos mudéjares en la coronación de dichos muros. Sobre las nuevas columnas de «jaspe colorado» no se voltearon nuevos arcos, simplemente se apearon los arcos de la nave central, se retiraron las columnas antiguas, que no tenían relación estilística con la obra nueva, y se colocaron las nuevas. Con toda seguridad los arcos de la nave son los mismos antiguos de la sinagoga «mudéjar», recortados, redondeados y revestidos con molduras de yeso, según el nuevo gusto.

De esta forma, al inmenso valor artístico y simbólico de Santa María la Blanca, verdadera joya del barroco sevillano y español, podemos añadir su enorme valor histórico como pieza fundamental a la hora de entender el pasado de la ciudad. Es un espacio con un uso religioso continuado desde hace al menos un milenio y, además, el único en el que aún es posible vislumbrar cómo fue una de las sinagogas con las que contó la ciudad.

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