Este convento fue levantado a finales del siglo XIV como Hospital de Santa Marta, denominación con la que aún lo conocen muchos sevillanos. A finales del siglo XIX pasó a constituirse como convento, al trasladarse aquí la comunidad de monjas agustinas que ocupaban el primigenio convento de la Encarnación, que estaba ubicado en la plaza del mismo nombre ('las Setas').
Del Hospital queda la que fue capilla, que pasó a ser iglesia conventual tras la llegada de las religiosas. Es de una sola nave y en ella destaca su presbiterio, que tiene la tradicional forma cuadrada de las 'qubbas' islámicas y mudéjares, cubierta por una bóveda de ocho paños sobre trompas. El resto de la iglesia se cubre con una bóveda gótica de nervadura, apoyada sobre cuatro interesantes ménsulas con los símbolos de los evangelistas.
Con el reacondicionamiento del siglo XIX se harían algunas reformas en el antiguo hospital. Fue entonces cuando se abrió la puerta que da hacia la plaza Virgen de los Reyes, se construyeron los coros y se dotó de linterna a la bóveda.
El retablo mayor se formó con esculturas provenientes del desaparecido convento, realizado hacia 1675 y de autor anónimo. De allí provienen el grupo de la Encarnación o Anunciación que se ubica en la hornacina central y los dos 'Santos Juanes' de los lados (San Juan Evangelista y San Juan Bautista). La presencia de estos dos santos en las iglesias conventuales de la ciudad fue una constante durante toda la Edad Moderna. En el ático se ubica una pequeña imagen de Santa Marta, de autoría distinta y que probablemente ya estaría en la iglesia antes de la llegada de las agustinas.
A los lados del altar mayor se ubican dos retablos neoclásicos del siglo XIX, no de gran calidad artística. En ellos y por el resto de la iglesia se distribuyen una serie de santos de los siglos XVIII y XIX.