Se trata de unos baños almohades del siglo XIII, que originalmente constituyeron unos de los baños públicos más grandes de los construidos en Al Ándalus. Tras la conquista cristiana de la ciudad, fueron cedidos por Alfonso X a su madrastra, la reina Juana de Ponthieu. Probablemente ese sería el origen del nombre. De 'Baños Moros de la Reina' se habría derivado 'Baños de la Reina Mora', ya que dada la ubicación del complejo, tan alejada del Alcázar, es muy improbable que fueran utilizados por las mujeres de los reyes o emires de la ciudad en época musulmana.
Continuaron siendo usados como baños tras la conquista cristiana de la ciudad hasta el siglo XVI. Más tarde pasaría a asentarse allí una comunidad de monjas agustinas y ya en el siglo XIX se trasformaría en cuarte de la Comandancia de Ingenieros. El viejo cuartel sería derribado en 1976 durante los años ochenta se iniciaron las excavaciones arqueológicas.
Los baños se articulan en torno a un gran patio, rodeado de columnas con capiteles de mocárabe. Este patio estuvo originalmente cubierto por una bóveda esquifada y probablemente fue la sala templada. Los espacios porticados que se abre en torno al patio se cubre con bóvedas de cañón, en las que se abren unos lucernarios, con la forma estrellada tan característica de los baños árabes.
Al fondo del patio se abren dos estancias rectangulares contiguas que serían originalmente las salas caliente y fría.
En la actualidad, los Baños se hallan anexos a la Hermandad de la Veracruz, que es cotitular del inmueble y gestiona sus visitas.
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