Un nuevo episodio de la historia de este convento se inicia en 1888 cuando se hacen cargo de él los Padres Escolapios, que desarrollaron una importante labor educativa en la ciudad. Lo estuvieron gestionando hasta 1973, año en el que se trasladan a Montequinto. Ese mismo año, el cardenal Bueno Monreal cedió el uso de la iglesia conventual a la Hermandad de la Cena, que desde entonces se ha encargado de su mantenimiento y ha afrontado las diversas restauraciones que han sido necesarias, como la renovación de las cubiertas en 1988.

El resto del convento sirve en la actualidad como sede de EMASESA, la empresa pública para la gestión del agua en la ciudad. Se conservan los dos claustros, el principal y uno secundario, además de una majestuosa escalera monumental diseñada por Fray Manuel Ramos a finales del siglo XVII.

Exterior

La iglesia cuenta con una sola fachada, que se ubica a los pies del templo, en la calle Sol. Cuenta con una interesantísima portada realizada a principios del siglo XVIII en un estilo barroco que recuerda mucho al que se desarrolló por las mismas fechas en la América hispana. Se desconoce la autoría del diseño, aunque tradicionalmente se ha venido atribuyendo a fray Manuel Ramos, el artífice de la monumental escalera de la que hablamos al referirnos al área del convento.

La portada se dispone al modo de un retablo de tres calles, teniendo la calle central ocupada por el vano adintelado que es la entrada al templo en sí. La decoración se hizo a base de barro cocido y ladrillo visto, con determinadas características que, como decíamos, aluden directamente al barroco hispanoamericano: los elementos arquitectónicos adquieren formas curiosas e imaginativas y están repletos de una minuciosa decoración que recoge multitud de elementos simbólicos.

En las calles laterales se sitúan dos hornacinas con las tallas en barro cocido de San José de Calasanz a la izquierda y San Francisco a la derecha. Los dos santos aluden a las dos principales órdenes religiosas que se han sucedido en la gestión de este templo desde su creación: San Francisco a los religiosos de la Orden Tercera, fundadores del convento, y San José de Calasanz a los Escolapios, quienes lo gestionaron desde finales del siglo XIX. Esto nos indica que las esculturas no son las originales de la portada, sino que fueron añadidas muy posteriormente, con toda probabilidad ya en el siglo XX. Además, su tamaño es algo menor al que les correspondería de acuerdo con las hornacinas que ocupan.

En la parte superior de las calles laterales encontramos dos medallones con los bustos de dos santas vinculadas a los franciscanos, Santa Clara a la izquierda y Santa Rosa de Viterbo a la derecha. Sobre la puerta se sitúa un espacio a modo de frontón mixtilíneo en el centro del cual se coloca un escudo con símbolos franciscanos. En la parte superior izquierda aparecen las Cinco Llagas, símbolo principal de la orden, y a la derecha tres flores de lis. En la parte inferior, una mano señala un sol en el que puede leerse "FIDEI" (Fe). Sobre el escudo, una corona real abierta en cuya base se puede leer "POENITENTIA CORONAT". No poseemos más información sobre el escudo, aunque debió ser el que adoptó este convento como propio. En 2007 el Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico acometió la restauración de un estandarte procesional hallado en San Telmo con el mismo escudo, por lo que con toda probabilidad era un estandarte de representación del convento en actos oficiales.

Sobre las cuatro pilastras que delimitan las calles de la portada se sitúan cuatro santos franciscanos: a la izquierda san Antonio de Padua y santa Isabel de Hungría, y a la derecha Santa Isabel de Portugal y San Ivo de Kermartin, patrón de los abogados.  Coronando la portada en su parte central, una hornacina acoge una imagen de la Virgen de la Consolación, reproduciendo la talla original que se encuentra en el interior. Sobre la Virgen aparece una paloma blanca con las alas abiertas, representando al Espíritu Santo, y coronando todo el conjunto se sitúa una talla de San Miguel. 

A la derecha de la portada se encuentra un retablo cerámico con la imagen de la Virgen del Subterráneo, titular mariana de la Hermandad de la Cena. Fue elaborado en 1959 en la fábrica de Nuestra Señora de la Piedad por Antonio Morilla Galea y Manuel García Ramírez.

La fachada cuenta con una torre a la derecha, rematada por una espadaña de dos cuerpos con dos vanos para campanas en el inferior y un solo cuerpo en el superior, rematado por un frontón curvo. 

Interior

Lo primero que llama la atención al entrar en la iglesia de la Consolación son sus grandes dimensiones y monumentalidad, constituyendo uno de los ejemplos más interesantes entre las iglesias conventuales del Barroco sevillano. Consta de una sola nave de gran anchura y forma de cruz latina. A los lados de la nave se sitúan una serie de capillas laterales a las que se accede a través de arcos de medio punto cerrados por rejas. A los pies de la iglesia se sitúa el coro alto, asentado sobre una bóveda escarzana con profusa decoración. En un lateral del coro se sitúa un órgano, original de la primera mitad del siglo XVIII, que según Álvaro Cabezas García puede ser atribuido al retablista José Fernando de Medinilla. La cubrición original de la iglesia se hizo mediante una gran bóveda de cañón que se prolongaba durante toda la nave. Sin embargo, esta bóveda se vino abajo a mediados del siglo XIX y en la actualidad encontramos una techumbre plana. La bóveda de cañón se conserva solo sobre el coro, a los pies de la iglesia, y sobre el área del presbiterio, en la cabecera. Sobre el crucero se levanta una cúpula semiesférica sobre pechinas, decorada con yeserías que reproducen elementos arquitectónicos, decoración vegetal, roleos, cabezas de ángeles y otros motivos característicos del barroco. 

Este tipo de decoración a base de yeserías debió extenderse originalmente por toda la bóveda de la iglesia. Es especialmente rica la que decora la bóveda que sostiene el coro y en ella destacan los curiosos racimos de frutas diversas, en una composición articulada mediante lacería y motivos vegetales, en la que se entremezclan angelitos y símbolos marianos. Recuerda claramente a las yeserías que encontramos en Santa María la Blanca, realizadas también en el siglo XVIII.

Presbiterio

En el presbiterio, el retablo mayor es un espléndido conjunto barroco realizado por Francisco Dionisio de Ribas en 1669, reformado con posterioridad en varias ocasiones. Se le puede considerar uno de los mejores ejemplos de la retablística sevillana del siglo XVII. Consta de dos cuerpos y tres calles, delimitadas por unas hermosas columnas salomónicas con fustes delicadamente esculpidos con motivos vegetales. La disposición del espacio central del retablo se modificó para acoger el grupo escultórico de la Última Cena tras establecerse la hermandad en este templo. En el centro aparece la figura de Jesús en el momento de la celebración eucarística. Fue tallado por Sebastián Santos Rojas en 1955 y su rostro es de tal belleza que hay autores que lo señalan como la imagen de Cristo más hermosa de entre las realizadas para la Semana Santa de Sevilla en el siglo XX. Los apóstoles son obra del escultor gaditano Luis Ortega Bru, una de las figuras más originales y destacadas de la imaginería española contemporánea. Fueron su última obra, ya que se estrenaron en la Semana Santa de 1983, un año después de la muerte del escultor. Cuando el conjunto se halla en el retablo, solo once apóstoles acompañan al Señor, ya que se excluye a Judas Iscariote, que sí forma parte del paso el día de la procesión.

Sobre el grupo de la Sagrada Cena, se sitúa una hornacina de formas ondulantes añadida al retablo en 1700 para acoger a la Virgen de la Consolación, titular de este templo. Se trata de una pequeña imagen de la Virgen con el Niño, que originalmente tenía la advocación de Nuestra Señora de Morañina cuando recibía culto en el convento que la Orden Tercera regentaba en Bollullos Par del Condado antes de su traslado a Sevilla. La imagen tiene su origen en el siglo XIV, pero fue profundamente renovada para adaptarla a la estética barroca, probablemente ya en el siglo XVIII.

Siguiendo en el primer cuerpo, en la calle de la izquierda encontramos a san Ivo de Bretaña y a san Elizario, mientras que en la de la derecha se ubican san Conrado y san Luis de Francia. Ya en el segundo cuerpo, en el centro se ubica un relieve con "San Francisco aprobando las reglas de la Orden Tercera". El relieve aparece flanqueado por santa Isabel de Portugal a la izquierda y santa Isabel de Hungría a la derecha.

Crucero

El presbiterio se halla flanqueado por otros dos retablos de menor tamaño que se ubican en los brazos del crucero. Ambos son del primer tercio del siglo XVIII y acogen una imagen de la Virgen con el Niño el de la izquierda y un Jesús Nazareno el de la derecha. Originalmente los retablos estaban dedicados a dos imágenes de buena calidad de san Miguel y san Rafael que en la actualidad suelen ubicarse en la capilla sacramental.

En la cabecera izquierda del crucero se encuentra un retablo de principios del siglo XVIII que acoge la imagen de Nuestra Señora del Subterráneo, Reina de Cielos y Tierra, titular de la Hermandad de la Cena. La imagen es una dolorosa de vestir que tradicionalmente se ha atribuido al escultor decimonónico Juan de Astorga, aunque debido a sus rasgos estilísticos no se puede descartar que sea una imagen de mayor antigüedad, probablemente del siglo XVII. El retablo en el que se encuentra perteneció en su día a la Hermandad del Amor, que tuvo su sede en esta iglesia. De hecho, tras la Virgen es visible la forma de cruz que acogió en su día al Cristo del Amor. Cabe recordar que en esta iglesia se fundó también la Hermandad de la Sagrada Entrada en Jerusalén y que fue aquí donde se fusionaron ambas para dar paso a la Hermandad del Amor que conocemos hoy con sede en la iglesia de El Salvador. De hecho, en el ático del retablo se ubica un relieve en el que se representa precisamente la escena de la Entrada de Jesús en Jerusalén, a lomos de la célebre "borriquita".

Frente al retablo de la Virgen del Subterráneo, en la cabecera derecha del crucero, se sitúa un retablo de formas muy dinámicas tallado por Fernando de Medinilla en 1727. Lo preside la imagen del Cristo de la Humildad y Paciencia, que es también titular de la Hermandad de la Cena, participando también en la procesión sobre su paso. La imagen fue realizada en el siglo XVI, por lo que es una de las más antiguas de la Semana Santa de Sevilla, y tiene la particularidad de estar realizado no en madera sino a base de telas encoladas. Representa a Cristo sentado sobre una roca junto en el momento previo a la crucifixión, apoyando su cabeza sobre su mano derecha en actitud reflexiva. Esta iconografía tiene unas profundas raíces en la religiosidad sevillana desde que se realizaran las primeras tallas a partir de un grabado de Durero de 1511. 

Capillas

En el lado del Evangelio (izquierda) de la iglesia se sitúa la Capilla Sacramental, de planta rectangular y cubierta por bóveda de cañón con lunetos. Tanto los muros como las bóvedas se hallan profusamente decorados con ornamentación barroca de comienzos del siglo XVIII. Se encuentra presidida por un retablo neoclásico del siglo XIX presidido por una Inmaculada. La flanquean las tallas de santa María Egipciaca y san Antonio de Padua, y en el ático se ubica un Crucificado. Todas las tallas son aproximadamente de principios del XIX, salvo la Inmaculada que es del siglo XVII. A ambos lados de la capilla se sitúan sendos retablos, también neoclásicos, que albergan las imágenes de principios del siglo XVIII de san Miguel y san Rafael. También en esta capilla se encuentra una imagen de vestir de san Francisco del siglo XVII que al parecer llegó a salir en procesión por las calles del barrio. También hay un crucificado con la advocación de Cristo de la Buena Muerte, con una calidad notable, que ha sido datado a principios del XVIII.

Frente a la capilla sacramental, en el lado de la Epístola (derecha) se ubica la capilla de Nuestra Señora de la Encarnación. Está presidida por un retablo neoclásico que acoge la imagen de la Virgen que es titular de gloria de la Hermandad de la Cena. Se trata de una talla del siglo XVII atribuida a Juan de Mesa, aunque profundamente reformada con posterioridad. La capilla permaneció cerrada durante mucho tiempo tras sufrir un derrumbe pero puede ser devuelta al culto tras su restauración en 2019.