Lo que sí se sabe con certeza es que la mezquita fue transformada en sinagoga tras la conquista cristiana de la ciudad. Por orden de Alfonso X se constituyó una judería en esta zona de la ciudad, que ocupaba aproximadamente el área de los actuales barrios de Santa Cruz y San Bartolomé. En Santa María Blanca se encontraría una de las tres o cuatro sinagogas principales de la judería.
Durante mucho tiempo se pensó que el templo actual fue levantado por completo en el siglo XVII, sin que se conservara nada de la fábrica anterior. Sin embargo, diversos trabajos arqueológicos y de restauración en el edificio en las últimas décadas han desmentido esta afirmación. Al parecer, aunque la reforma barroca de la que hemos hablado enmascaró por completo cualquier aspecto decorativo del primitivo templo, lo cierto es que la planta de la actual iglesia y la de la sinagoga sobre la que se asienta coinciden en lo esencial. Y al parecer también corresponden a la obra primitiva buena parte de los muros y los arcos de la actual iglesia, aunque intensamente alterados en su estética por la reforma barroca. Así lo explica el arquitecto Óscar Gil Delgado en “Una sinagoga desvelada en Sevilla: estudio arquitectónico” (2011):
“Estas prescripciones implican claramente que no se demolieron los muros de las naves de la iglesia y que, por ese motivo, se encuentran hoy los arcos ciegos mudéjares en la coronación de dichos muros. Sobre las nuevas columnas de «jaspe colorado» no se voltearon nuevos arcos, simplemente se apearon los arcos de la nave central, se retiraron las columnas antiguas, que no tenían relación estilística con la obra nueva, y se colocaron las nuevas. Con toda seguridad los arcos de la nave son los mismos antiguos de la sinagoga «mudéjar», recortados, redondeados y revestidos con molduras de yeso, según el nuevo gusto”.
La sinagoga se transformaría en iglesia cristiana a finales del siglo XIV, tras el violento asalto a la judería de 1391. Sería en esta época cuando se añadiría la portada gótica por la que aún se accede en la actualidad. Sin embargo, la iglesia que ha llegado hasta nosotros responde en su mayor parte al proyecto para su remodelación impulsado por el canónigo Justino de Neve. Las obras se iniciaron en 1662 bajo la dirección de Pedro Sánchez Falconete, que que abordó la remodelación completa de la que resultó el templo barroco que podemos contemplar hoy.
Se trata de una iglesia de tres naves divididas por diez columnas toscanas que soportan arcos formeros de medio punto. A ella se accede por una entrada torre que se abre a los pies de la nave central y cuenta con una planta rectangular. Esta se ve alterada por un testero sobresaliente, en el que se sitúa el altar mayor, y por tres capillas laterales: la bautismal a los pies del templo, la sacramental en el lado de la epístola, y la de San Juan Nepomuceno en el lado del evangelio de la cabecera.
La fachada principal de la iglesia está ocupada en su primer nivel por una portada gótica, con las características clásicas que este tipo presenta en las iglesias sevillanas: arquivoltas y decoración de puntas de diamante. Sobre este cuerpo, se puede leer la inscripción latina "HAC EST DOMUS DEI ET PORTA COELI 1741" (Esta es la Casa de Dios y la Puerta del Cielo). El año 1741 hace referencia a la fecha de ciertas reformas menores acometidas en la iglesia, cuando se embelleció también la fachada y se añadió la inscripción.
Sobre este primer nivel, en un segundo cuerpo se abren dos ventanales alargados rematados por arcos de medio punto. Sobre ellos se ubica una clásica espadaña de dos niveles y tras vanos para las campanas.
La iglesia cuenta con una portada mucho más sencilla hacia la calle Archeros. Se trata de un sencillo arco de medio punto sostenido por dos columnas pétreas con capiteles tardoantiguos, claramente de acarreo y probablemente utilizados sucesivamente en la mezquita y en la sinagoga precedentes.
En el interior, lo que más nos llama la atención es su intenso programa decorativo, en el que se cubre hasta el último rincón con una combinación de yeserías, pintura y escultura, hasta configurar un espacio que en su conjunto se muestra como la más clara definición del célebre "horror vacui" del barroco.
Justino de Neve encargó la decoración pictórica al propio Murillo y la elaboración de las yeserías a los hermanos Pedro y Borja Roldán. La obra se inicia muy poco después de que se promulgara el Breve Pontificio de Alejandro VII de 1661, en el que se reafirmaba la devoción y el culto a la Inmaculada Concepción.
De esta forma, el programa iconográfico es en su conjunto una exaltación a la Eucaristía y a la Virgen Inmaculada, tal y como puede verse nada más entrar en el arco que sostiene el coro, donde se lee Sin pecado original en el primer instante de su ser. Murillo intervino con la realización de cinco lienzos, de los cuales solo se conserva en la iglesia el más antiguo, "La Santa Cena". Los otros venían a completar el programa iconográfico del que venimos hablando, con la "Inmaculada", "El Triunfo de la Fe" y dos lienzos que narraban la historia de la fundación en Roma de la basílica de Santa María de las Nieves, advocación a la que está dedicada también nuestra iglesia.
Hoy en día se pueden contemplar in situ magníficas copias de los originales, que desgraciadamente fueron objeto del salvaje expolio sufrido por la ciudad con la llegada de las tropas napoleónicas en 1810. Entre las obras sustraídas se encontraban las cuatro que sustrajo de Santa María la Blanca. La mayor parte de lo expoliado nunca regresó a la ciudad y se encuentra hoy disperso por museos de todo el mundo.
El retablo mayor de la iglesia es barroco y se ha datado hacia 1690. Su elemento arquitectónico principal son dos grandes columnas salomónicas, tan características de los retablos sevillanos del XVII. En la hornacina central se ubica la imagen titular del templo, Nuestra Señora de las Nieves, una imagen de vestir realizada por Juan de Astorga a principios del XIX.
En los extremos laterales se ubican sobre ménsulas las tallas dieciochescas de las Santas Justa y Rufina, patronas de la ciudad. En el centro del ático se abre otra hornacina que en la actualidad alberga una rica cruz dorada, en cuyo pie se puede apreciar una representación de la Giralda.
En la cabecera del lado de la derecha encontramos un retablo barroco de mediados del siglo XVIII presidido por la imagen de "San Pedro en la Cátedra". Vemos al santo con todos los atributos que lo identifican como primer pontífice de la Iglesia, enmarcado por dos ángeles niños que sostienen dos de sus atributos: la cruz patriarcal de los papas y las llaves de la Iglesia.
En el muro de este mismo lado derecho se ubica un retablo neoclásico del siglo XIX, presidido por un imponente conjunto de la Trinidad. Es obra del escultor de origen valenciano Blas Molner. En el banco se ubica una interesante Piedad de pequeño formato datada en el siglo XVIII.
También a la derecha se abre la capilla sacramental, presidida por un retablo del siglo XVIII que generalmente tiene en su hornacina central una imagen de San José anterior, del siglo XVII. Am ambos lados y a una escala menor, encontramos las imágenes de Santa Ana y San Joaquín. El banco del retablo acoge un enternecedor "Nacimiento" elaborado en terracota, atribuido a Cristóbal Ramos.
En la misma capilla se ubica un retablo formado por piezas de un retablo anterior readaptado. Alberga las imágenes que pertenecieron originalmente a la antigua hermandad del Sagrado Lavatorio, que desapareció en 1672 al fusionarse con la Sacramental de esta iglesia. En el centro, el Cristo del Mandato, una obra en pasta de madera, realizada por Diego García de Santa Ana a finales del siglo XVI. A ambos lados, Nuestra Señora del Pópulo y San Juan, ambas imágenes anónimas del siglo XVII.
En el centro del muro de la nave izquierda (o del Evangelio) encontramos un valioso retablo original del siglo XVI, aunque bastante reformado en el XVIII. Enmarca un gran lienzo con la representación de "La Piedad", aunque también se ha identificado a veces como un "Descendimiento". Se trata de una de las piezas artísticas más destacadas de la iglesia, la última obra conocida de Luis de Vargas, uno de los pintores más destacados del Renacimiento en Sevilla. Está fechado en 1564 y en el retablo lo enmarcan las pinturas de San Juan Bautista y San Francisco, obras también de Luis de Vargas. A los pies del retablo se puede observar la lápida de la familia que lo financió.
En el mismo muro se encuentra la única obra de Murillo que se ha conservado en la iglesia: "La Santa Cena", fechada en 1650. Es posible que los franceses no se la llevaran porque lo cierto es que la obra se aleja bastante del tradicional estilo del pintor. Murillo utiliza aquí un potente claroscuro, que hacen del lienzo una pintura tenebrista, con la luz de las velas como única iluminación sobre los rostros.
En el mismo muro encontramos otro retablo con un Sagrado Corazón moderno y al fondo de esta nave del Evangelio se abre una pequeña capilla tras una reja. En ella se ubica un retablo barroco del siglo XVII, con una imagen central de San Juan Nepomuceno de la misma época. En los muros de la capilla se ubica un interesante "Ecce Homo" del siglo XVI, realizado por seguidor anónimo de Luis de Morales. Frente a él, una "Anunciación" de Domingo Martínez del primer tercio del XVIII.
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